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环状RNA:看完此文,希望对您的课题有所帮助

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随着新技术允许科学家们深入研究基因组和外显子组,一类新的称为环状RNA(circular RNA, circRNA)的RNA可能发挥着一种有趣的作用。


在一项新的研究中,来自美国密歇根大学的研究人员对多种癌症中的circRNA进行了编目,并进行了初步研究,表明这些稳定的结构可能作为血液或尿液中的癌症生物标志物。相关研究结果发表在2019年2月7日的Cell期刊上,论文标题为“The Landscape of Circular RNA in Cancer”。

图片来自Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2018.12.021


circRNA是一种非编码RNA,它们形成闭合的环状结构而不是线性结构。新的RNA测序方法曝光了这些circRNA,但是人们对它们起作用的原因或方式知之甚少。不过它们的稳定结构使得它们成为癌症生物标志物的理想候选对象。

这项新的研究确定了癌症中的circRNA目录,从而为未来的研究构建了一个数据库。论文共同通讯作者、密歇根大学转化病理学中心主任Arul M. Chinnaiyan博士说,“我对circRNA作为非侵入性生物标志物的潜力感到非常兴奋。鉴于它们的稳定性,我们可能能够在癌症患者的血液或尿液中检测到它们。这可能对癌症的诊断或预后有用。”

作为MiONCOSEQ项目的一部分,这些研究人员从800多个肿瘤样本中发现了circRNA。他们证实为MiONCOSEQ项目开发的捕获RNA测序在检测circRNA方面比现有方法更为强大。

Chinnaiyan说,“这种捕获方法可能是有限的,这是因为它基于我们用来捕获RNA的探针。但是,全外显子组捕获方法使得它具有重大的意义。我们通过这种方式捕获大量的RNA。这就是为何我们能够鉴定出如此多的之前并不知道的circRNA。”

这种技术仅需少量总RNA就能够鉴定出circRNA。这意味着它们可能在RNA被稀释的地方被检测到,比如血液或尿液。

此外,这些研究人员还鉴定出几种在前列腺癌组织中发现的circRNA。通过评估来自前列腺癌细胞的circRNA,他们发现它们比线性RNA更稳定。它们也可在尿液样品中检测到。

Chinnaiyan说,“我们能够证实这些circRNA存在于尿液中并且来自前列腺癌的circRNA可被检测到。我们未来的研究将探究这些circRNA作为尿液或血液中的癌症生物标志物。”

这些研究人员将他们的研究结果转变为一个名为MiOncoCirc的数据库,这个数据库对肿瘤样本中报道的circRNA进行编目。这种资源可供科学家们使用,有助于开发新的癌症生物标志物。

 

参考资料:Josh N. Vo et al. The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2018.12.021.


circRNA整体解决方案

 

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具体课题协作服务包括:                                 

实验设计或优化: 您可以提供完整的课题思路交予我们进行评估优化(或简化),或告诉我们您的研究方向和大致期望(影响因子等),我们的技术支持团队会根据您的经费实际及相应要求梳理实验方案;

实验开展和汇报: 严格根据双方协商确定的实验方案进行实验,我司有完善的实验平台和实验技术人员专业协作;开展过程中,我们将每月定期向您汇报实验的进展,让您随时了解您实验的动态,以便根据实际情况及时调整实验方案;

实验报告与交流: 实验结束后,我们将及时整理实验结果,汇成实验报告单,并协助分析原始数据,及时进行配合交流;

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circRNA整体解决方案:      

环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。 近年研究发现,circRNA具有很多重要的调控功能,例如,circRNA可以作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。除此以外,circRNA也具有调控其他类型RNA、调节蛋白质活性等功能。circRNA在不同物种中具有保守性,而且存在组织表达差异,且circRNA的环状结构对RNase不敏感,导致它比线性RNA更为稳定,这些特性使得circRNA具有开发疾病新型诊断与治疗方法的巨大潜力,研究意义重大。

 

服务内容:

1)环状RNA生物信息学预测

2) 环状RNA高通量测序

3)环状RNA表达丰度检测

4)FISH 检测环状RNA的亚细胞定位

5)NorthernBlot 检测环化RNA的存在

6)环状RNA的过表达实验(Gain of function)

7)环状RNA功能缺失实验(Loss of function )

8)环状RNA与miRNA互作结合生物预测及实验验证

9)环状RNA与miRNA相互作用预测研究

10)环状RNA与蛋白相互作用研究

circRNA的形成(A)以及作用机制(B)

 

重要意义:

在对circRNA 结构和功能研究的基础上,有研究人员发现它们在动脉粥样硬化,神经系统紊乱,糖尿病和肿瘤等疾病发生过程中,发挥非常重要的作用。对环状RNA研究具有重要的意义:

1)circRNA独具的竞争性内源(ceRNA)特征可为药物开发提供新的思路;

2)circRNA的组织特异性和稳定性有可能使circRNA成为一种良好的生物标志物;

3)circRNA 的研究为生命的进化研究提供新的方向。

 

circRNA相关数据库:

circBase: http://www.circbase.org/

circNET: http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

StarBase V2: http://deepbase.sysu.edu.cn/

CircInteractome: http://circinteractome.nia.nih.gov/

Circ2Traits: http://gyanxet-beta.com/circdb/

CSCD: http://gb.whu.edu.cn/CSCD

exoRBase: http://www.exoRBase.org 

 

 

 

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